Du möchtest mit einem anderen Programm(Java) ein Programm(Java) ändern?
Soll dies dauerhaft geschehen oder nur für das einmalige ausführen?
In beiden Fällen würde ich sagen, dass dein Änderungsprogramm das Hauptprogramm decompilen muss, die Stelle die geändert werden muss ändert und dann wieder compiled.
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