Klar macht man das so, nur hat man normalerweise ein public Ordner wo eine Index.php drin ist die alles handhabt und die inkludiert dann die Config z.b.
PHP Code:
include '../config.php'
Sprich der Webserver kann nur im Ordner "public" lesen und alles was auserhalb liegt musst du halt inkludieren.
Nennt man übrings Bootstrapping, hier die erste Seite die ich dazu gefunden habe:

Ob diese gut oder nicht ist kann ich dir nicht sagen (zumindest siehst du dort die Ordnerstruktur).