Haste für Autostart nur in den Startmenü\Autostart-Ordner oder auch in der Registry geschaut? Sehr vieles befindet sich in der Registry.
Zudem kannste ja mal schauen, welche Prozesse da sind, sobald er vollständig hochgefahren ist. Ich kenne auch Viren die sich durch infizierte System DLL's starten um so den "normalen" Autostartwegen zu entfliehen.
FPFragmentierung von 2% ist in der Tat wenig.
Zudem wäre es nützlich, wenn du mal die technischen Daten deines PC's (RAM, CPU, usw.) postest, denn vielleicht ist das für den technischen Rahmen, in welchen wir uns bewegen auch normal, dass er so "lange" braucht.
Hoffe ich konnte helfen

MfG