Das kommt auf den Zahlungsanbieter an.
Bei Paypal beispielsweise leitest du den User mit bestimmten Parametern auf die Zahlungsseite weiter.
Paypal führt dann die Zahlung aus und sobald das Geld bei dir angekommen ist, schickt Paypal eine "automatische Zahlungsbestätigung" (Antwort, dass das Geld bei dir ist).
Die muss dein Server dann annehmen und kann das Guthaben in die Datenbank eintragen.
Von Paypal gibt's da auch eine schöne Grafik:
Ansonsten müsstest du mal verlauten lassen, welchen Anbieter du hast, dann könnte man sich den mal anschauen und dir erklären, wie das da gelöst wird.