@.AppleTree.
1. Also ich habe deinen Klick-Mich-Link mal unter die Lupe genommen! Zunächst sei zu sagen, dass ich weder im Chrome, noch FF, Safari oder Opera den von dir beschriebenen Fehler feststellen konnte - keine Verschiebung zu sehen ... scroll-unabhänig!
2. Desweiteren ist der Aufbau von <header>, <section>, <footer> etwas durcheinander gewürfelt. Also zumindest für meinen Geschmack. D. h.: das der "nav-Bereich" im <header> unterschiedlich groß zum "section-Bereich" ist. Jedoch könnte man dies im Zweifel auch so lassen, doch eine etwas bessere Verschachtelung wäre angebracht

.
Soviel zu deiner Bitte um Anregungen zur Seite usw. Doch evtl. hast du sie ja nun anders aufgebaut oder so (andere Version).
Wenn das Problem noch immer auftreten sollte, scrolling-nav-iframe usw., dann könntest du die
Positionierung mit jQuery bspw. für den Chrome Browser abfangen und einzeln einstellen. Doch dies wäre Aufwand für 1px

!?
Scheu dich nicht zu fragen, falls du Hilfe bei der Positionierung brauchen solltest! Denn in Kombination mit position: absolute; und position: relative; kannst du schön Auflösungsunabhängig deine Grafiken oder div's anbringen.
Nach dem Motto:
WYSIWYG .
btw.: "Be sure to drink your Ovaltine."