Die Frage ist eher warum hat der Footer eine fixe Position?
Ohne einer fixen Position gäbe es das Problem nicht, weil der mittlere Teil dann immer genau bis zum Footer reichen würde.
Wenn du nicht willst dass deine Seite zu kurz ist, gibst du der kompletten Seite einfach 100% und der mittlere Teil wird immer so gestreckt dass der Footer unten ist.
Beispiel und Erklärung:
Javascript würde ich erstmal vermeiden, wenn es auch ohne geht.