Viele Router unterstützen QoS, das könnte man dort einstellen und es würde immer greifen.
Ein Beispiel für die Fritzbox hast du hier z. Bsp.:
Eine weitere Alternative wäre jDownloader, wie auch oben beschrieben, wenn du aber irgendwas runterlädst wo jDownloader nicht zum Einsatz kommen kann oder es irgendwelche anderen Gründe hat, dann könntest du dir als sehr gute Alternative NetLimiter installieren, dort kannst du für jedes einzelne Programm die Bandbreite limitieren, sowohl im Down- als auch im Upstream.
Falls du Windows 8 haben solltest, damit funktioniert Windows 8 nicht, Alternativen zu NetLimiter wären NetBalancer, Cfosspeed, SoftPerfect Bandwidth Manager oder schau einfach mal hier vorbei:

Grüße