Welche Permissions hast du denn entfernt?
bukkit.command.plugins
bukkit.command.help
Wenn das nicht geht, sind es denn die Befehle von Bukkit oder vielleicht ein anderes Plugin? Essentials würde ich beispielsweise verdächtigen diese Befehle selbst zu verwenden.
Alternativ kannst du es noch über die

(Removing a command) versuchen, ansonsten lässt sich das noch mit einem super einfachen Plugin vehindern.