Die gängigen MySQL Clients erlauben dir dich per SSH auf den Server zu verbinden und über diese Verbindung mit der Datenbank zu kommunizieren.
Das ist wesentlich sicherer als ein offener DB Port, der schlimmsten falls unverschlüsselt läuft.
Hier z.b. ein Guide wie man das in HeidiSQL einrichtet, mit bisschen Google kann man das aber auf alle anderen Tools übertragen: