also pci-e ist klar und 2 mal ist besser is auch klar..
was meiner meinung ein großer faktor ist, sind die onboard geräte... ist zwar schön und toll das du keine soundkarte und keine netzwerkkarten kaufen musst und womöglch noch anderer schmarn, aber zu beachten wäre, das bei den meisten motherboards die onboard-geräte konflikte verursachen oder nicht so laufen wie eine "extra"- karte. auf alle mainboards trifft das auf keinem fall zu, jedoch würde ich mich über das zu kaufende mainboard ein wenig informieren (zb. andere kunden beurteilungen)wenn sie probleme verursachen kann man sie ja glücklicherweise immernoch abschalten

(heutzutage kriegt man ja fast nur noch mb`s mit allen extras...)
der chipsatz spielt auch eine rolle, da würde ich intel bzw. nforce chipsatz empfehlen, via ist auch noch eine möglichkeit, von sis und konsorten kann ich nur abraten...
passend zu deinem motherboard solltest du auch den richtigen speicher kaufen, um eventuelle probleme aus dem weg zu gehen. meistens kann man sich die auskunft über getestete und empfohlene hardware auf der herrstellerseite des mainboards erkundigen....
die frage die du dir stellen solltest ist ob du nen intel oder amd prozessor nehmen willst, intel = teuer ; amd = günstiger...
das wirkt sich dann auch die gesammte hardware aus

wenn du das geklärt hast würde ich mich für eine prozessor reihe des jeweiligen unternehmens entscheiden...
zb: bei amd "opteron" oder "athlon 64"... den auf sockel A sollte man nicht mehr setzen.. dort würde ich dir jedoch auch ein "athlon 64(fx)" empfehlen antstatt nen "opteron" (beide auf sockel 939).
bei intel hätten wir den "celeron", den "pentium 4" und den "pentium d"... da kann ich dir schonmal ganz vom celeron abraten sofern du auf gaming auf bist... (das ganze dann auf sockel 775).
Mainboard empfehlungen:
amd= Asus,Msi,Abit
intel= Asus,Dfi,Msi,Abit
Würde ich mir einen neuen rechner kaufen, würde ich ganz klar nehmen:
Prozessor: Amd (Athlon64fx)
Mainboard: Asus (Asus A8N-SLI Premium)
so hoffe das reicht dir und is dir nicht zuviel ^^
wenn du noch fragen hast, ich beantworte sie gerne