Also wenn du willst, dass Windows über SSD "startet", musst du Win natürlich auf die SSD installieren, das sollte klar sein (wird vermutlich bereits so sein).
Für das andere Problem bietet sich nur die Lösung, manuell im Browser deiner Wahl den standardmäßigen Downloadordner auf einen Ordner deiner Zweitplatte zu legen, und auch bei der Programminstallation immer deine Zweitplatte auszuwählen.
Könnte zwar gut sein, dass man auch z.B. über Registryeinträge den Defaultpfad bei der Softwareinstallation nach Belieben verändern kann, aber wenn dem so wäre, weiß ich es leider nicht. Google einfach mal