Du machst deinen USB Stick bootfähig mit Windows7, alle Dateien welche nun auf dem USB Stick sind musst du dort lassen wo sie sind. Ob du nun neue Ordner erstellst oder andere Dateien auf den Stick kopierst ist vollkommen egal - wichtig ist das die Dateistruktur der Installation so bleibt wie sie ist.
Edit:
Die Dateien die du da siehst darfst du nicht verschieben, ansonsten kannst du mit dem Stick tun und lassen was du möchtest, heißt neue Ordner erstellen oder ins Hauptverzeichnis Daten kopieren... alles egal solange die Dateistruktur wie auf dem Bild erhalten bleibt.