Die x64 Version nutzt die Vorteile der
64-Bit Architektur.
Only 64-Bit Anwendungen wollen dann unbedingt ein x64 Java.
32-Bit Programme können wiederum mit dem x64 Ding nix anfangen

Minecraft zum Beispiel warnt den Nutzer, wenn auf einem x64 System "nur" die 32-Bit Version von Java installiert ist.
Eine manuelle Zuordnung ist nicht notwendig bzw. gar nicht möglich.