VS Enterprise schützt nicht vor decompilieren.
Allein schon die Sprachkonstrukte "is" oder "typeof" benötigen .net reflection was ohne teile des Quellcodes garnicht geht.
Und selbst wenn es keinen Quellcode inder executable gäbe, .net wird nicht nach Maschinencode sondern MSIL übersetzt, jemand der das nicht erst seit gestern macht wird den Code wie wie ein Buch lesen

Wenn du bislang darauf gesetzt hast, dass dein Programm bulletproof ist, dann solltest du dein Konzept überdenken.
Jeder von einem Computer ausführbare Programmcode kann auch von einem Menschen gelesen werden.
Topic:
Auf deinen Bildern sieht mir das danach aus als würde einfach ein neues Window erzeugt werden, was aber nicht das ist was du willst!?
Hast du den Quellcode von deinen "kleinen Tools"?
Wenn ja dann kannst du die Projekte in deine Projektmappe einbinden und aus dem Hauptprogramm darauf referenzieren.
Falls du keinen Quellcode dazu hast, bleibt dir wohl nix anderes als die Programme als eigenen Prozess zu starten, wie in Antwort #1 gezeigt.