Da ich jetzt nicht genau weiß, was NC+ den Spielern dann als Cheat anhängt, würde ich da mal nachschauen, und denen dann die passende permission für den bypass geben. Die Permissions findest du alle hier:
Spontan würde ich denken, dass diese permission das Problem für die Spieler beheben würde: nocheatplus.checks.moving.survivalfly
Da ich mal davon ausgehe, dass für NC+ wie kurzzeitigen fly vorkommt. Wenn man also nun für diese den Fly check deaktiviert, würde NC+ nicht darauf reagieren. Dabei würde ich aber empfehlen, evtl fly in der server.properties aus zu haben, damit man mit flymods zumindest von minecraft aus gekickt wird. Der Kick passiert nicht, wenn man im Kreativmodus ist