Hast du schon in der Console nach Fehlern gesucht?
Vielleicht hast du falsche Umbrüche in der config verwendet.
Schau mal in den essentials config, ob du den Befehl nicht auf die "Blacklist" gesetzt hast.
Also ich persönlich finde Permissions in seiner Grundform am beste, da es stabiel läuft und alles bietet, was man von einem Permissions Plugin erwarten kann, kein Schnickschnack oder ähnliches