Fullscreen Fenster haben mehr Priorität als Fenster mit TopMost-Flag. Wenn du S4 im Fenstermodus hast, geht es, wie auch schon oben erwähnt, problemlos mit TopMost.
Um das zeichnen "auf" einem Fenster, welches sich im fullscreen modus befindet, müsstest du entweder im gleichen Prozess (S4Client.exe) d3d-funktionen hooken (EndScene ist hier die beliebteste, aber nicht einzige, Möglichkeit) und dann das Renderdevice vom Spiel zum Zeichnen nutzen, was in AutoIt nicht ohne weiteres möglich sein wird, oder ein Hardware Overlay erstellen, auf dem du dann zeichnest (ka, wie's damit in AutoIt aussieht, aber ich denke eher schlecht). Alles weit entfernt von dem "Fake D3D", was du zur Zeit benutzt. Per GDI(+) aus einem externen Prozess auf ein Fullscreen-Fenster zu zeichnen dürfte afaik nicht gehen. Wenn man im gleichen Prozess ist, könnte man das Fenster sicher als Rendertarget angeben, aber dann kann man auch gleich d3d nutzen.
Hoffe, dass das geholfen hat

Jeoni