Welches Programm du genau meinst, kann ich dir leider nicht sagen.
Es gibt aber Unmengen an Tools, die das hinbekommen.
Google mal nach "Proxy Switcher", den gibt es einmal als Free und einmal als Pro Version.
Ich selbst nutze Proxifier um Proxys zu verwalten - damit kannst du ganz locker jeden Proxy mit ner' Beschreibung versehen, sogar einzelne Programm gezielt ausschließen.
Kannst du dir ja mal anschauen.
Wenn du dahingehend fragen hast, kannst du dich auch gerne melden bei mir ^^