Ob das leichter ist, sich Systemfiles zu überschreiben...sicherer ist es auf jeden Fall nicht.
Ich würde über einen Weg deiner Wahl jeden Prozess dazu zwingen, eine eigene Dll zu laden und die detoured dann in jedem Prozess die entsprechende Funktion. Am leichtesten wäre es da wohl, einfach immer die IAT aller bereits geladenen Module und die EAT der User32.dll für noch folgende Module zu überschreiben.
Als Injection Methode bieten sich da zb. Windows Hooks an. Es gibt doch afaik auch eine Systemeinstellung von Windows (ein Registry Key oder so), in der man festlegen kann, welche Dlls bei jedem Prozess Startup geladen werden sollen (wird aber erst nach nem Reboot wirksam).