Die beiden wichtigen Auszeichnungssprachen sind HTML und XML.
HTML (+CSS für's Design) eben für alles, was menschenlesbar und XML für alles, was maschinenlesbar sein soll.
Die wichtigste Skriptsprache ist JavaScript. Stattdessen kann man höchstens noch Visual Basic Script verwenden, wird aber selten gemacht.
Beide Skriptsprachen sind geeignet, um .asp-Dateien zu erstellen, diesbezüglich wird VBS jedoch häufiger verwendet.
PHP ist die häufigste Programmier-/Skriptsprache (schreib' mal beides, da da Uneinigkeit herrscht), die serverseitig ausgeführt wird und bietet mit MySQL, etc. auch alle wichtigen Funktionen. PHP wird daher auf fast jeder größeren Webseite verwendet.
Alternativen dazu mit deutlich weniger Funktionen sind die oben erwähnten .asp-Dateien und Server Side Includes (.shtml, etc.).
SSI werden gerne in Verbindung mit CGI-Scripten verwendet.
Zur Konfiguration - z.B. wenn man keinen Zugriff auf die *.ini-Dateien hat - wird oftmals .htaccess verwendet. Auch gerne als .htpasswd, um Ordner zu schützen, ohne ein aufwendiges Login-System mit PHP realisieren zu müssen.
Für alles, was mit besonders schnellen Berechnungen zu tun hat und JavaScript daher versagt, sowie für aufwendige Animationen kommen diverse Applets zum Einsatz.
Das sind beispielsweise Flash, Java oder Silverlight.
3D-Animationen lassen sich neuerdings jedoch auch mit JavaScript (Stichwort: WebGL) generieren, wobei die Browser-Unterstützung noch sehr gering ist.
Für schnelle Berechnungen soll demnächst WebCL eingesetzt werden, das ist bislang jedoch noch nirgends implementiert.
Wer sich im Übrigen mit WebGL auseinandersetzt, kommt auch um die Shader-Sprache GLSL nicht umhin.