So lange beide Battle.net Accounts auf den selben Daten laufen, gibt es eher keine Probleme. Der Battle.net Account ist erst einmal unabhängig von den WoW-Versionen.
Solltest du vor haben, nur einzelne Charaktere von einem WoW-Account zu einem anderen WoW-Account zu übertragen, so musst du dafür zahlen. Ferner müssen dann die Spielversionen übereinstimmen (d.h. ein Level 71+ Charakter muss auf einen WoW-Account mit min. WOTLK übertragen werden, ein 81+ Char auf einen Cata Account, etc.).
Ganze WoW-Accounts auf einen neuen Battle.net Account zu übertragen ist kostenfrei, jedoch kein offiziell angebotener Dienst, weshalb es auch sein kann, dass man die Übertragung der Accounts ablehnt.