Solange du die SourceCodes nicht wegschmeißt und deine DB auch nicht löscht und beides auf dem Linux-Root einspielst, sollte es keine Probs geben :)
Was du nicht verwenden kannst ist die Fertige Exe-Datei, denn um die nutzen zu können brauchst du Wine.
Was aber recht sinnfrei ist wenn du die Sourcecodes hast xD
€ Bevor ich es vergesse:
Wenn du Linux und TrinityCore nutzt, kannst du bei 2 oder mehr Realms nicht einfach mal die fertig compilierte WorldServer herum copieren, denn die Config Pfad ist absolut.
D.h. wenn du nach /xyz/server_A compiliert hast, sucht der WorldServer immer in dem VZ /xyz/server_A/etc nach seiner Config...