hmm mir stellt sich gerade die Frage, hast du keinen Webinterface Zugang zum Server bekommen?
Schlichte Gameserver haben das meistens und da kann man auch auf Bukkit umstellen ohne das man etwas Basteln muss.
Man weiss ja nicht wie der Anbieter dazu steht das Startskript anzupassen^^
Ansonsten wie beschrieben die craftbukkit.jar in den Ordner packen umbenennen und die alte jar ersetzten, nach einen Restart hast du dann den Plugin Ordner.
Edit: gerade nachgelesen, ist wie ich vermutet habe. Schau mal hier:
Minecraft Bukkit ist die Grundlage vieler Plugin´s und ist auf unserem Minecraft Gameservern vorinstalliert einfach Bukkit starten und die gewünschten Plugin´s per FTP hoch laden.
Bukkit ist auf unserem Minecraft Gameserver vorinstalliert und über das Interface auswählbar
Alle Mod´s die eine eigene Startdatei haben können gestartet werden wie zb auch der Canary Mod.
Also einfach da umstellen, brauchst keine sachen zu überschreiben